Poprzez organizowanie konferencji, sympozjów, zjazdów i szkoleń specjalistycznych, Sekcja chce informować lekarzy i farmaceutów o postępach fitoterapii oraz przedstawiać nowe rozwiązania badawcze. Jednocześnie poprzez tego rodzaju spotkania chce wzbudzić zainteresowanie fitoterapią wśród młodych naukowców. Temu celowi ma służyć planowane wspomaganie prac naukowych w dziedzinie fitochemii, farmakologii i fitoterapii.
Sekcja Fitoterapii była współorganizatorem szeregu konferencji:
- Poznań, 2-3 czerwca 2022 r. - 18 Sejmik Zielarski. Konferencja Naukowa z okazji 90-lecia Polskiego Komitetu Zielarskiego - „ZIOŁA W XXI WIEKU BIOGOSPODARKA W PERSPEKTYWIE DALSZEGO ROZWOJU BRANŻY ZIELARSKIEJ”.
- Warszawa, 20-22 maja 2022 r. - Międzynarodowa Konferencja Naukowa - „ROŚLINY LECZNICZE W NAUCE I KULTURZE”.
- Gdynia, 11 grudnia 2021 r. - I Ogólnopolska Konferencja - „FITOTERAPIA XXI WIEKU”.
- Warszawa, 29 listopada 2019 r. - Bonifraterska Konferencja Ziołolecznictwa 2019 - „FITOTERAPIA – TRADYCJA. WSPÓŁCZESNOŚĆ. PERSPEKTYWY ROZWOJU”.